Program Studi Hukum Ekonomi Syariah (Prodi HES) berdiri pada tahun 2014 melalui SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 1492 Tahun 2014 tertanggal 14 Maret 2014. Dengan berdirinya Prodi HES Fakultas Syariah IAIN Madura memiliki program studi yang memadukan tiga bidang ilmu sekaligus, yaitu bidang ilmu hukum, bidang ilmu ekonomi, dan bidang ilmu agama atau ilmu syariah. 

Lahirnya Prodi HES bukan tanpa alasan. Tren Syariah yang memberikan implikasi positif terhadap perkembangan sistem ekonomi halal, menjadikan fakultas syariah merasa terpanggil untuk ikut memberikan kontribusi yang nyata dengan mendirikan sebuah program studi yang mampu merespon perkembangan sistem ekonomi di masa-masa yang akan datang. Berdasarkan SK BAN-PT Nomor: 684/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2017 Prodi HES ini mendapatkan akreditasi B.